I dipinti restaurati dalla parrocchia di Gandino costituiscono un nucleo significativo non solo per la qualità pittorica ma anche, in più di un caso, per il significato storico. Sono normalmente ospitate sulla parete destra della chiesa di San Giuseppe, a ricoprire l'intera superficie secondo il modello delle quadrerie venete, due grandi teleri del XVII secolo, raffiguranti Mosè salvato dalle acque e Tobia che benedice il figlio . Un terzo dipinto dalla forma a lunetta, con La Sindone e angioletti con simboli della Passione , corona invece l'importante Compianto cinquecentesco in terracotta conservato nella chiesa.
Dalla chiesa di Santa Croce provengono invece ben cinque dipinti risalenti al XVII e al XVIII secolo, tra cui spicca la pala d'altare di San Nicola da Tolentino che rappresenta San Nicola da Tolentino, San Nicola da Bari, San Vincenzo Ferreri e San Francesco d'Assisi. Le altre opere sono due sopraporta che ornano l'altare maggiore con l'Episodio della vita di Sant'Alessandro e L'imperatore Cosroe porta la Croce di Gesù , e due piccoli dipinti con San Luigi Gonzaga e Il Santissimo Sacramento .
Sono solitamente ospitate nel Museo della Basilica, invece, due opere restaurate in occasione di due importanti mostre. La prima è il Ritratto di Papa Innocenzo XI , omaggio pittorico al pontefice di origini gandinesi (la madre era una Castello di Gandino), restaurato in occasione della mostra del Museo storico «Incanto di tessuti», dove sono esposte fino al prossimo 26 febbraio molte opere provenienti dal museo gandinese. La seconda è il Ritratto di Elisabetta Alberti , opera eseguita nel 1870 del maestro gandinese Ponziano Loverini e restaurata in occasione della mostra dedicata al pittore nell'ambito delle celebrazioni loveriniane del 2004.
Viene infine ricollocato in Basilica, dopo un'accurata pulitura, il dipinto raffigurante la Circoncisione di Gesù , realizzato nel XVII secolo dal napoletano Pietro Mango. Rimosso dall'altare della Circoncisione nel 1962 e conservato fino ad oggi nel Museo di arte sacra, ritorna finalmente nella collocazione originaria per ricostruire il ciclo pittorico dedicato all'infanzia di Gesù, che si sviluppa all'interno della Basilica attraverso quattro imponenti teleri che rappresentano rispettivamente la Nascita , l'Adorazione dei Magi , la Circoncisione e la Fuga in Egitto.